Horten H.IX bylo proudovými motory poháněné samokřídlo z doby druhé světové války, z kategorie takzvaných Wunderwaffen. Šlo o vůbec první samokřídlo vybavené proudovými motory. Letoun je společným dílem bratří Hortenů – Waltera, Reimara a Wolframa. Příznivcem jejich projektu byl samotný Hermann Göring a jako jediný stroj měl šanci na splnění požadavků jeho soutěže 3x1000.
Bratři Hortenovi začali vyvíjet elegantní samokřídla už jako mladíci v aeroklubu ve Wasserkupe, nedaleko Frankfurtu nad Mohanem. Nejprve jako modely, později již jako větroně. Prvním typem projektovaným od počátku s motory byl Horten V, který měl dva stejné motory Hirth. Ten byl později pro účely zkoušek přestavěn z dvoumístného na jednomístné uspořádání.
V roce 1939 všichni bratři nastoupili k Luftwaffe. Wolfram zahynul při výbuchu svého Heinkel He 111 při kladení min v květnu 1940. Reimar sloužil jako instruktor létání v Kolíně nad Rýnem a nadále stavěl větroně-samokřídla, zatímco Walter bojoval v Bitvě o Británii v řadách JG 26, kde dosáhl 7 vítězství. Po skončení bitvy o Británii nastoupil na žádost svého tehdejšího velitele Kurta von Doeringa na velitelství, kde se zabýval technickým vývojem stíhacích letadel. Zde se mohl seznámit s řadou nových projektů a technických novinek. Asi nejvíce ho zaujaly proudové motory, které by byly ideálním pohonem stíhacích samokřídel. Díky svým pravomocem vytvořil v Göttingenu malý tým, označený Sonderkommando 3, kam převelel i bratra Reimara. Zde se tajně a nelegálně, za peníze Inspektorátu stíhacího letectva, pracovalo na vývoji samokřídel.
V roce 1943 byly v Goettingenu vyrobeny první dva prototypy plnohodnotného stíhače Horten IX. Horten IX V1 byl bezmotorový kluzák, na kterém byla ověřována aerodynamická koncepce. První let proběhl 28. 2. 1943 a ukázal, že koncepce funguje, včetně netradičních prvků - aerodynamických brzd v polovině křídla, které byly součástí řízení, elevonů a brzdícího padáku, zkracujícího přistání. Po zkušenostech s V1, dostal V2 robustnější přední podvozkovou nohu. U prototypu V2 už se také počítalo s montáží proudových motorů BMW 003, ze kterých se však podařilo získat pouze pláště.
Problém, jak dát projektu oficiální status byl vyřešen přihlášením k soutěži 3x1000, kterou v roce 1943 vyhlásil Hermann Göring. Ten dostal materiály o projektu (že už probíhá stavba mu bylo zatajeno) a projekt odsouhlasil s podporou 500 000 říšských marek. Göring si dokonce nechal stroj osobně předvést a jeho schopnost provádět běžné manévry při letu na jeden motor, na něj velice zapůsobila.
V březnu 1945 byl program Ho 229 zařazen mezi programy zázračných zbraní s nejvyšší prioritou. Bratři Hortenové už v té době pracovali na projektu bombardéru, který by byl schopen svrhnout pumu na New York (projekt Ho XVIIIB).
V továrně Gotha se započalo se stavbou objednaných 6 prototypů Ho 229, označených V3 až V8, které měly nahradit i Ho 229 V2, ztracený při nehodě v únoru 1945. Z nich prototypy V3, V6 a V8 představovaly jednomístný stíhací Ho 229 A-1, V4 a V5 byly noční stíhačky a V7 byl cvičný dvoumístný stroj.
